阶下囚因贪污罪被判无期徒刑
1995年2月，一封来自河南三门峡的举报信，终结了这一神话。
据1998年1月新华社报道，褚时健的“女儿共索要和接受3630万元人民币、100万元港币、30万美元，妻子及其他亲属共收受145.5万元人民币、8万美元、3万元港币及大量贵重物品”。褚时健本人，后来被司法指控贪污和巨额财产来源不明罪。最主要的情节是，他把巨额公款直接划到自己的名下，其中一笔是174万美元，另一笔1156万美元。
但是，这个案子却在全社会引起了广泛的争议。
据当时新华通讯社的报道，要“法办”褚时健，“有些人感情上接受不了。不少人认为，褚时健……功劳太大了，过与功相比，算不了什么”。“有些人思想上有顾虑：查办褚时健，会不会把企业查垮了，影响企业稳定，影响云南的经济发展、财政收入?”
还是“中央纪委领导同志提出：对褚时健，‘过不掩功，功不抵过’”，为这个多少升华出了一点政治意味的经济案定了调。
但是，在经过长达四年多的调查以后，对褚时健的量刑却颇费周章，当时强调的，不是“以法律为准绳”，而是“判决一定要经得住历史考验!”(主审法官语)。
最后，云南省高级人民法院的一份据说是十易其稿的、被称为“现代法律文书的典范”的长达8000字的判决书，宣布褚时健因巨额贪污和巨额财产来源不明罪被判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。检察机关指控的一笔1156万美元贪污，“疑罪从无”，未作认定。
而按当时中国对贪污犯罪的“判例”，褚案涉及金额已经数倍于死刑。在云南省高级人民法院对褚时健宣判两个月后，最高人民法院核准了江西省高级人民法院对胡长清案的终审裁定：死刑立即执行。而这位江西省前副省长贪污受贿金额是人民币544.25万元，不明财产是人民币161.77万元，两项合计差不多褚时健被认定的一次贪污金额(174万美元)的一半。
褚时健后来有如此供述：“当时新的总裁要来接任我。我想，新的总裁来接任我之后，我就得把签字权交出去了，我也苦了一辈子，不能就这样交签字